ご存じの通り Ubuntu には root で作業という概念がなく，ほとんどの一般的 root 作業は sudo コマンドを用いて行われます．
しかし，その際に困ってくるのが Webmin での作業です．この便利なツールは最初のログイン時に root の情報を参照してアカウントが作成されるので，
少なくとも一回は root として Webmin にログインする必要があります．私が Web 上を探した限りでは，このことに関する日本語情報が少ないようなので
ここに書いておきます．まず，気を付けていただきたいのが， root のパスワード自体は

 $ sudo su
 # passwd

とすることで設定可能であるということです．Webmin インストール前ならば，この方法で事前にパスワードを準備しておくのも良いと思われます．
しかし，大抵は

 $ sudo apt-get install webmin

などとしてインストールした後でそのことに気づくでしょうから，その時には Webmin に付属しているパスワード変更 Perl スクリプトである changepass.pl を使って

 $ sudo (Webmin のインストールディレクトリ)/changepass.pl /etc/webmin root passwor

とすることで Webmin から参照できる root アカウントのパスワードを設定できます．
これを行った後は専用ユーザを Webmin に覚えさせて使うのが良いと思われますので，ご参考までにどうぞ．